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建物建設の面 ・賃貸で貸す構造とする限り、建築基準法的に戸建住宅ではなく長屋、若しくは共同住宅の法
規制になるかと思われる。2階建て小規模なので、係る規制は少ないが、階層区画や条例による敷地計画制限などが考えられるので一般住宅より制約を受ける事は確か。
・計画上、外部階段がいると思うが、戸建として済む場合、計画の整合性がとれるか？内部、外部とも設けるならコストUP。改修するならその時点でコスト
UP、及び法適合を求められる。 ・同様に水周りがそれぞれにいる。
これは1世帯住宅に将来転用するなら、空間の合理性から改修すべきとなるが、その時点で水周りなので撤去改修が大げさになり全面改修コストが見込まれる。
・身内でないので特に階層で住む場合、音の問題が問題になりやすいが、木造でこれを満足できるレベルに解決するのは非常に困難であり、構造的に難しい（戸建で身内なら気にならないが）。又、前述の階層区画（界床）の話があり、原則、長屋の界壁に準じた扱いを指導されるので、防音、防火の区画が必要でありコストUPに繋がる。
などですね。多分、考えておられるより、（単純に2階建て建てて2階部分を貸すという程度）検討条件は多いと思います。
将来も完全分離2世帯として使う予定があるなどならこの限りではないけど、内部に階段は無いとしてもそれぞれがマンションの2LDK～3LDK規模なので戸建としてはそれぞれがちょっと狭いですよね。（敷地が狭いので外部階段でそれを建ぺい・容積除外できる計画条件で作らないとしんどいですね）
尚、木造が良いか、軽量鉄骨かに関しては、現実にはヘーベルでも所詮は軽量で振動には弱いし床音は聞こえますので、必ずしもどちらが良いと言えませんが、ヘーベルなどのほうが法的な界床区画などが取りやすく、音に対応するシステムがオプションであるので賃貸なら向いてるし計画しやすいでしょう（一般論）。
又、賃貸で貸すときに、現地見れば木造でも鉄骨でも新しさや設備の差だけで差はさほどないと思いますが、募集かけるのだと木造＜鉄骨＜コンクリートと書きますから当然見るほうはその順で一般に良いと見るのが普通です。
ただ、それらで良い仕様に決めても高めになると思うので、投資コストに見合うかはあります。